Разработка и производство автоматизированных систем и комплексов связи для кораблей (судов), береговых объектов силовых и гражданских ведомств России.
Основная деятельность АО «НИИ «Нептун» направлена на выполнение заказов различных министерств, ведомств и силовых структур, преимущественно в рамках Гособоронзаказа для кораблей, судов, подводных лодок, береговых объектов Военно-морского флота, Департамента береговой охраны Пограничной службы ФСБ России и стран зарубежья.
В соответствии с законом Российской Федерации военно-техническое сотрудничество — деятельность в области международных отношений, связанная с вывозом и ввозом, в том числе с поставкой или закупкой, продукции военного назначения, а также с разработкой и производством продукции военного назначения. Участниками ВТС РФ являются российские субъекты военно-технического сотрудничества и иностранные заказчики.